Zoals eerder aangegeven, besloot de Dordtse Synode van 1618-1619 dat er een bijbelvertaling vanuit de grondtalen moest komen. Deze vergadering boog zich ook over de vraag hoe de vertalers van de Bijbel te werk moesten gaan, en bepaalde dat er kanttekeningen gebruikt moesten worden als:
1. De Hebreeuwse of Griekse tekst heel moeilijk letterlijk te vertalen was. De Statenvertalers kozen dan een wat ‘vrijere’ vertaling, maar noteerden de letterlijke vertaling in de kanttekening.
2. De grondtekst op een bepaald punt wat ‘duister’ was. Ter verklaring van de tekst voegden de Statenvertalers dan ook kanttekeningen toe.
Ook moesten de vertalers de ‘gelijkluidende plaatsen’ of verwijsteksten bij de bijbeltekst noteren. Zo kreeg de lezer veel hulpmiddelen in handen voor het onderzoeken van Gods Woord.
Aanvankelijk was het niet zozeer de bedoeling om uitgebreide leerstellige verklaringen – of het verwerpen van dwalingen – op te nemen in de kant. Toch is de Statenbijbel daar juist bekend om geworden. Prof. dr. F.W. Grosheide schrijft in ‘De Statenvertaling 1637-1937’ (1937): ‘Het behoeft niemand enige moeite te kosten om in de kanttekeningen de gehele gereformeerde dogmatiek te vinden. […] De Statenvertalers waren gereformeerde theologen, onverdacht in de leer, staande op de grondslag der gereformeerde belijdenis, wars van alle romanisme en remonstrantisme, zij bogen voor de Schrift als het Woord Gods.’
Prof. G. Wisse schrijft in een voorwoord voor de driedelige uitgave van de Bijbel met kanttekeningen dat de kanttekeningen ‘vooral van zeer grote waarde zijn voor het verstaan van den inhoud des Woords. In de kanttekeningen komt zo bijzonder de aloude, gereformeerde belijdenis met haar beleving naar voren.’
De Statenvertalers wilden zelf ook duidelijk aantonen dat deze gereformeerde belijdenis inderdaad ‘aloud’ is. Uit hun vele kanttekeningen, en ook uit de vele aantekeningen die zij in hun vertaalproeven maakten, blijkt dat voor hen de juiste uitleg van Gods Woord niet pas bij Calvijn is begonnen. Integendeel, voor het Oude Testament maakten de vertalers bijvoorbeeld volop gebruik van rabbijnse commentaren en verklaringen van kerkvaders en middeleeuwse theologen. Zij beproefden alle dingen, en behielden dat wat hun het goede toescheen. Voor de uitleg van het Hooglied gebruikten zij de ‘Corte ende duydelicke Verclaringe over het Hooge-Liedt Salomo’ (1616) van hun tijdgenoot Godefridus Udemans. Voor de uitleg bij het Nieuwe Testament was de vertaling met kanttekeningen van Herman Faukelius (1617) erg nuttig.
De kanttekeningen zijn dus bedoeld om licht te werpen over Gods Woord, vanuit de rijke traditie van de kerk van alle eeuwen. Wel beseften de Statenvertalers dat bovenal het licht van de Heilige Geest nodig is. Vaak moesten zij dan ook opmerken dat de juiste verklaring van de tekst voor hen niet geheel duidelijk was, of dat er meerdere mogelijkheden waren. Toch was hun werk zo grondig, dat de kanttekeningen van de Statenbijbel internationale bekendheid hebben gekregen. In 1657 werd de volledige Statenbijbel in het Engels vertaald. Daarnaast verschenen vertalingen van alle kanttekeningen in het Duits (1665) en het Frans (1669). Bovendien waren er zelfs plannen om ze ook (gedeeltelijk) te vertalen in het Hongaars en Pools.